1、用原位扩培系统产生的微生物，结合促进剂，可以治理黑臭河道和富营养化湖泊，固化黑臭河道底泥，抑制藻类生长，增加水体透明度，恢复生态平衡。
2、原位扩培系统产生的微生物可用于污水处理工程，结合微生物载体和促生剂，污水处理系统可实现生化系统无剩余污泥排放，无需污泥池和污泥脱水设施，系统简单，只需一人白班兼职即可，无需轮流值班，大大节省污泥处置费用和人工费，具有较高的经济效益和环保效益。
3、该系统还可用于被有机物污染的土壤修复，被污染土壤先经过预处理，土壤中的细菌和害虫被杀灭，然后经过原位扩培系统产生的微生物处理，土壤环境得到改善，植被生长状况良好，农作物产量增加。